發票使用及申領
（一）根據渝財綜〔2007〕94號及財綜〔2007〕40號規定：從2007年10月1日起，全市各級非營利性民辦醫療機構停止使用市財政局印製的財政票據，統一使用稅務機關監製的發票。其他醫療機構票據使用仍按渝財綜〔2002〕255號文執行，即統一使用稅務機關監製的發票。
（二）開具發票應當按照規定的時限、順序，逐欄、全部聯次一次性如實開具，並加蓋單位財務印章或者發票專用章。任何單位和個人不得轉借、轉讓、代開發票；未經稅務機關批准，不得拆本使用發票；不得自行擴大專業發票使用範圍。開具發票的單位和個人應當按照稅務機關的規定存放和保管發票，不得擅自損毀，不得丟失。發票丟失，應於丟失當日書面報告主管稅務機關，並在報刊和電視等傳播媒介上公告聲明作廢。已開具的發票存根聯和發票登記簿，應當保存五年。保存期滿，報經稅務機關查驗後銷毀。
（三）發票管理有關規定
《中華人民共和國發票管理辦法》第三十六條規定：違反發票管理法規的行為包括：1.未按照規定印製發票或者生產發票防偽專用品的；2.未按照規定領購發票的；3.未按照規定開具發票的；4.未按照規定取得發票的；5.未按照規定保管發票的；6.未按照規定接受稅務機關檢查的。對有前款所列行為之一的單位和個人，由稅務機關責令限期改正，沒收非法所得，可以並處1萬元以下的罰款。有前款所列兩種或者兩種以上行為的，可以分別處罰。
《中華人民共和國發票管理辦法實施細則》第四十七條規定：下列行為屬於未按規定領購發票的行為：1.向稅務機關以外的單位和個人領購發票；2.私售、倒買倒賣發票；3.販運、窩藏假發票；4.向他人提供發票或者借用他人發票；5.盜取（用）發票；6.其他未按規定領購發票的行為。
《中華人民共和國發票管理辦法實施細則》第四十八條規定：下列行為屬於未按規定開具發票的行為：1.應開具而未開具發票；2.單聯填開或上下聯金額、增值稅銷項稅額等內容不一致；3.填寫項目不齊全；4.塗改發票；5.轉借、轉讓、代開發票；6.未經批准拆本使用發票；7.虛構經營業務活動，虛開發票；8.開具票物不符發票；9.開具作廢發票；10.未經批准，跨規定的使用區域開具發票；11.以其他單據或白條代替發票開具；12.擴大專業發票或增值稅專用發票開具範圍；13.未按規定報告發票使用情況；14.未按規定設置發票登記簿；15.其他未按規定開具發票的行為。
《中華人民共和國發票管理辦法實施細則》第五十規定：下列行為屬於未按規定保管發票的行為：1.丟失發票；2.損（撕）毀發票；3.丟失或擅自銷毀發票存根聯以及發票登記簿；4.未按規定繳銷發票；5.印製發票的企業和生產發票防偽專用品的企業丟失發票或發票監製章及發票防偽專用品等；6.未按規定建立發票保管制度；7.其他未按規定保管發票的行為。
《中華人民共和國發票管理辦法實施細則》第五十一條規定：下列行為屬於未按規定接受稅務機關檢查的行為：1.拒絕檢查；2.隱瞞真實情況；3.刁難、阻撓稅務人員進行檢查；4.拒絕接受《發票換票證》；5.拒絕提供有關資料；6.拒絕提供境外公證機構或者註冊會計師的確認證明；7.拒絕接受有關發票問題的詢問；8.其他未按規定接受稅務機關檢查的行為。
（四）營利性醫療機構和民辦非營利性醫療機構均應按規定向所在主管地方稅務機關辦理稅務登記，取得《發票領購簿》領購發票。辦理《發票領購簿》前，納稅人需提出購票申請,填寫《使用發票申請表》，提供稅務登記證副本複印件,發票領購經辦人一寸照片一張。
（五）醫療發票種類
醫療發票分為《重慶市醫藥費（門診）專用發票》（手寫票，價格為1.50元/本）、《重慶市醫藥費（門診）專用發票》（機打票，價格為0.20元/份）及《重慶市醫藥費（住院）專用發票》（手寫票，價格為3.00元/本）、《重慶市醫藥費（住院）專用發票》（機打票，價格為0.40元/份）四種。其中，使用機打發票的，須經主管稅務機關批准，且必須使用正規開票軟體開具，並提前將開票軟體報主管稅務機關備案。開具後的存根聯應當按照順序號裝訂成冊。