近年来，重庆市医学科技工作取得进步，重视科技创新，依靠科技创新的理念深入人心，创新驱动发展的格局基本形成。以2017年为例，全市医学科研项目立项1100余项，其中获国家科技重大专项8项，资助经费1.68亿元，获国家自然科学基金项目422项，资助经费1.5亿元。全市医药卫生类共获得国家科技进步二等奖3项，包括重医附一院杨培增教授牵头的“免疫性高致盲眼病发生创新理论、防治及应用”项目，大坪医院周华东教授牵头的“缺血性脑卒中防治的新策略与新技术的推广应用”项目，大坪医院刘良明教授牵头的“现代战伤早期救治创新理论、关键技术及器材设备”项目。重医附一院，陆军军医大学附属第一医院（西南医院）、陆军军医大学附属第三医院（大坪医院）等单位获得重庆市自然科学奖一等奖1项、重庆市科技进步一等奖4项。主要有以下三项重要举措：
一、改革科研管理制度。按照《中共中央办公厅、国务院办公厅印发<关于进一步完善中央财政科研项目资金管理等政策的若干意见>的通知》(中办发〔2016〕50号)和《关于进一步完善我市财政科研项目资金管理等政策的实施意见》（渝委办发〔2017〕31号）等文件精神进行科研项目和学科平台管理制度修订，要求各主体研究单位建立符合科技创新规律的经费监管制度，发挥财政科研项目经费在知识价值分配中的导向作用，使医学科研工作的宏观指导和政策导向更加科学合理。
二、加强科研平台建设。突出医疗卫生机构科技资源聚集的平台作用，充分发挥高等院校和科研院所科技人才优势，系统布局高水平科研平台和重大项目工程，通过打造市级临床医学研究中心、市级医学重点学科、区域医学重点学科等措施，加强科技支撑保障体系建设，不断激发各类科研主体的创新活力。陆军军医大学附属第一医院（西南医院）、重医附二院、重医附属儿童医院等3家单位获批国家干细胞临床研究基地。全市已建成市级临床医学研究中心19个、市级医学重点学科81个、区域医学重点学科61个和市级医疗特色专科96个，初步形成特色鲜明、水平较高的优势学科群，部分领域赶超国内外先进水平。复旦大学发布《2016年度中国医院综合排行榜》，重医附一院、重医附二院、重医附属儿童医院，陆军军医大学附属第一医院（西南医院）、陆军军医大学附属第二医院（新桥医院）都在全国百强之列。
三、加快科技成果转化。重庆市和中国科学院大学合作共建重庆转化医学研究院正式挂牌，由中国科学院大学院士领衔的专家团队，围绕医学健康与生物医药领域重大战略需求，通过原始创新和集成创新，基础医学与临床医学相结合，在促进成果转移转化等方面取得积极进展。重庆市急救医疗中心、重庆市肿瘤医院与重庆大学合作，促进产学研用融合发展。陆军军医大学及各附属医院发挥人才与技术优势，在高端人才、医学成果转化和平台布局等方面取得喜人成绩。
把医学适宜技术推广作为成果转移转化的重要手段，提高县级医院服务能力。医学适宜技术推广项目启动以来，由市三甲医院优势学科牵头，建立上级医院与基层医院互动机制，已经累计推广670项次技术，累计使用推广经费1585万元，惠及百余个二级医院，实现40个区县全覆盖，并向贫困区县大力倾斜。一大批安全有效、经济适用的适宜技术得到推广应用，在减轻患者负担、提高治愈率和患者满意度等方面取得良好效果。
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